Las empresas beneficiadas para la construcción de la vía férrea que atravesará los estados de Campeche, Tabasco, Chiapas, Yucatán y Quintana Roo son, para el Tramo 1, el consorcio LAMAT, creado por Mota-Engil junto con una de las mayores constructoras asiáticas, China Communications Construction Company LTD, involucrada en actos fraudulentos en Filipinas. El Tramo 2 es de CICSA, de Grupo Carso, propiedad de Carlos Slim junto con la española FCC Construcción (Slim es accionista también). Esta última fue imputada en Panamá por actos de corrupción vinculados a Odebrecht. El Tramo 3 fue otorgado al consorcio Azvindi Ferroviario, creado por GAMI de Grupo Indi, de Manuel G. Muñozcano y Grupo Azvi, S.L. y su filial Construcciones Urales, S.A. de C.V. El Tramo 4 fue adjudicado a ICA de Bernardo Quintana. Los tramos 5, 6 y 7 están a cargo de la SEDENA que ha subcontratado a algunas empresas que ya participaban en la construcción del tren. La falta de transparencia es total en los tramos controlados por SEDENA ya que a cualquier solicitud de información la niegan argumentando cuestiones de seguridad nacional.