El 13 de abril de 2022 se creó la empresa de propiedad estatal Tren Maya S.A. de C.V. para administrar y operar el Tren Maya. 99% de las acciones corresponden a la Secretaría de la Defensa Nacional (SEDENA) y el 1% al Banco Nacional del Ejército, Fuerza Aérea y Armada, S.N.C. y cuyas ganancias serán destinadas al pago de pensiones de las FFAA. En la misma fecha se constituyeron otras empresas relacionadas con los servicios aeroportuarios cercanos al trayecto del TM. Estas empresas estarán controladas por la empresa Grupo Aeroportuario, Ferroviario y de Servicios Auxiliares y Conexos Olmeca-Maya-Mexica, S.A. de C.V., todas incorporadas al sector de la SEDENA con la misma estructura accionaria.